조세의 부과처분 취소 불복시 생길수 있는 문제

1. 문제의 제기

 

 이해를 돕기 위하여 다음 두 가지 사례로써 부과처분에 대한 불복 시 부과처분의 취소는 물론 기신고ㆍ납부한 세액의 환급 또는 경정청구도 할 수 있는지 여부에 대하여 검토해 보기로 한다.

 

① 사례는, 2021년도에 합의금 245,000245,000천 원을 지급받으면서 필요경비가 없는 기타소득(사례금)으로 보아 기타소득세 49,000천원(20%)을 원천징수하고 196,000천원을 지급받고, 신고대리인은 60%의 필요경비를 적용받을 수 있는 기타소득으로 판단하고 종합소득세 34,800천원을 환급세액으로 하여 종합소득세 신고를 하였다. 그러나 처분청은 합의금은 사례금으로서 필요경비가 없는 기타소득에 해당된다며 청구인에게 24,500천원의 종합소득세를 2023.8.3.경정ㆍ고지하였다. 종합소득세 납세고지서를 받고 합의금 245,000천원은 필요경비가 100%인 기타소득에 해당되어 원천징수할 세액이 없다며 불복청구를 하면서 다음과 같이 ‘청구취지’에서 종합소득세 부과처분의 취소는 물론이고 신고ㆍ납부한 세액의 환급을 청구하는 경정청구도 하지 않았는데 기납부세액(원천징수세액) 49,000천원도 환급해 줄 것을 청구할 수 있는지 여부이다.

 

 

<청구취지>

 

“○○ 세무서장이 2023.8.3. 청구인에게 한 2021년 귀속 종합소득세 24,500,000원의 부과처분을 취소하고, 기타소득세 원천징수세액 49,000,000원을 환급한다.”라는 결정을 구합니다.

② 사례는, 2022년 3월에 2020.1 ∼ 12 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 법인세 10억원을 납부하였고, 2023년 5월에 법인세 통합조사를 받고 법인세 1억원을 추징당하고 불복을 청구하기 위하여 신고상황을 분석하던 중 2020 사업연도에 손금으로 계상하지 않은 경비가 4억원이 있어 이를 손금으로 계상(인정)한다면 법인세가 1억 5,000만원(고지세액 1억원을 5,000만원 초과)이 환급될 수 있고 경비 4억원 손비미계상에 대한 경정청구한 사실도 없다고 할 경우, 법인세 납세고지서를 받고 불복청구를 하면서 다음과 같이 ‘청구취지’에서 법인세 추징세액 1억원의 취소는 물론이고 경정청구도 하지 않았지만 일반적 경정청구기간(5년) 내에 있는 경비 4억원도 손비로 계상하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정해 줄 것을 청구할 수 있는지 여부이다.

 

 

<청구취지>

 

“○○ 세무서장이 2023.6.4. 청구법인에게 한 2022 사업연도 법인세 100,000,000원의 부과처분을 취소하고, 경비 400,000,000원을 손비로 계상하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정한다.”라는 결정을 구합니다.

 

 

 

2.「국세기본법상」의 관련규정

 

 국세기본법 제22조 제2항에서 “소득세와 법인세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.”고 규정하고 있고, 국세기본법 제22조의3(2002.12.18.「국세기본법」개정 시 제22조의2로 신설, 2018.12.31.「국세기본법」개정 시에 제22조의3으로 조문이동) 제1항에서는 “세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”고 규정하고 있다.

 

 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) 제1항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 

• 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
• 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때“고 규정하고 있다.

 

 

 

3. 조세심판원

 

 (1) 2002.12.18. 국세기본법 제22조의2 신설 전, 대법원은 과세표준과 세액을 결정한 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견되어 이를 증액하는 경정처분이 있는 경우, 그 증액경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가확정하는 처분이 아니고 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이므로 증액경정처분이 되면 당초처분은 증액경정처분 속에 흡수되어 당연히 소멸하는 것으로 보아야 하고, 이는 증액경정 시에 당초결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하며(대법원 1999.5.28. 97누16329), 과세처분이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 확정되어 이른바 불가쟁력 또는불가변력이 발생하였다고 하여도 이러한 확정의 효력은 그 처분이 유효하게 존속하는 것을 전제로 한 것이므로 그 뒤의 증액경정처분에 의하여 당초의 과세처분이 위 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재 가치를 상실하고 소멸한 이상 그 불가쟁력이나 불가변력을 인정할 여지가 없고, 따라서 증액경정처분에 대한 소송절차에서 납세자는 증액경정처분으로 증액된 과세표준과 세액에 관한 부분만이 아니라 당초처분에 의하여 결정된 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법여부를 다툴 수 있다(대법원 1984.4.10. 83누539; 1986.12.23. 86누199; 1988.2.9. 86누617; 1990.4.10. 90누219; 1991.10.8. 91누1547)며 흡수설을 견지하고 있었다.

 

 (2) 2002.12.18. 국세기본법 제22조의2 규정 신설 전에는 국세기본법 제55조(불복) 외에는 당초처분(부과처분 및 신고확정)과 경정처분과의 법률관계와 그에 따른 불복청구의 대상 등에 대한 조세법령상 명확한 규정이 없어 조세심판원도 학설과 상기 대법원판례를 참고로 국심 2001중0327(2002.7.12. 국세심판관 합동회의) 사건을 통하여 증액경정결정은 흡수설을, 감액경정결정은 공식적으로 역흡수설의 입장을 취하였다. 국심 2001중0327 사건의 구체적 결정내용은 다음과 같다.

 

◦ 청구법인은 주택 및 공장용 토지를 조성하여 일반인 등에게 분양하는 사업(부동산 매매업)을 영위하는 법인으로, 1995 ~ 1998 사업연도 중 주택 및 공장용으로 조성된 토지를 양도한 후, 각 사업연도의 법인세 신고 시 토지취득과 관련되어 발생한 건설자금에 충당한 차입금의 이자와 관련하여 특별부가세의 양도차익계산에 있어서는 이를 토지의 취득가액에 산입하지 아니하고, 각 사업연도의 소득금액계산 시에만 영업외비용으로 손금산입하여 해당 법인세를 신고 납부하였으나, 양도토지의 수익실현시기(손익의 귀속사업연도)의 차이와 신고누락 등을 적출하여 1995 사업연도와 1997 사업연도에 대하여는 증액경정(부과처분)하고 1996사업연도와 1998 사업연도에 대하여는 감액경정(환급)하였다.

◦ 청구법인은 이에 심판청구를 제기하면서 1995 ~ 1998 사업연도 중 특별부가세의 양도차익계산에 있어서 이를 토지의 취득가액에 산입하지 아니한 토지취득과 관련되어 발생한 건설자금이자를 취득가액에 포함하여 특별부가세 양도차익계산을 해 줄 것을 청구하였으나(별도로 경정청구는 하지 않았음), 국세심판원은 1996 사업연도와 1998 사업연도에 대하여는 역흡수설 입장에 의해 당초신고 및 처분이 일부취소된 것으로서 그 자체로는 불이익 처분이 아니어서 불복청구의 대상으로 삼을 수 없고, 또한 청구법인이 감액경정한 사업연도와 관련하여 별도의 경정청구를 하여 거부처분 등을 받은 사실도 없어 당초신고가 확정된 것이므로 불복 청구의 대상으로 볼 수 없다 하여 본안심리를 하지 않았으며(각하), 증액경정(부과처분)한 1995 사업연도와 1997 사업연도에 대하여는 본안심리를 하여 양도토지의 조성과 관련하여 발생된 건설자금이자는 특별부가세의 양도차익계산에 있어 이를 취득가액에 산입하도록 결정하였다.

 

 

‘흡수설’이란 당초처분에 의하여 확정된 효력은 경정처분으로 효력을 상실하며, 당초처분은 경정처분에 흡수(소멸)되어 경정처분(당초처분 + 경정처분)만이 불복청구ㆍ소송의 대상이 된다.

 

이 학설은 경정처분만이 불복청구 소송의 대상이 되며, 당초 처분이 불복청구기한이 경과하였더라도 경정처분에 대한 소송에서 경정처분에 흡수된 당초 처분에 대한 하자를 다툴 수 있어 쟁송절차에 있어서 하나의 납세의무에 대하여 이루어진 수 개의 과세처분을 통일적ㆍ일체적으로 심리하려는 요청에 부응한다는 장점이 있는 반면에 당초 처분에 기하여 이루어진 납부, 체납처분,제2차 납세의무지정처분 등이 무효로 되어 불합리한 문제점이 있다.

 

‘역흡수설’이란 흡수설과는 반대로 경정처분이 당초처분에 흡수ㆍ소멸되나, 당초처분에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 그 경정된 내용에 따라 증감시키는 효력을 발생한다고 본다. 수 개의 과세처분을 통일적ㆍ일체적으로 심리할 수 있으면서 흡수설의 불합리한 점을 보완할 수 있다는 장점이 있는 반면, 당초처분에 대하여 불복기간이 도과한 후 증액경정처분이 있는 경우 그 경정처분에 대하여도 불복을 제기할 수 없다는 문제점이 있다.

 

국세기본법 제22조의2 규정이 당초 처분과 경정처분 사이의 법률관계를 어떻게 이해할지에 관한 논쟁은 감액경정처분의 경우 대법원의 기존판례(당초처분의 일부취소설)의 입장을 유지한다하여도 실무상 큰 문제가 없으나, 증액경정처분의 경우에는 다양한 견해(병존설, 병존적 흡수설등)가 제시되고 있었다.

 

(3) 그러나, 조세심판원은 그 후 새로운 국세심판관 합동회의사건(국심 2003.10.18. 2003중556)에서 불복청구의 이유는 당초처분의 하자를 포함하여 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만, 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 된다고 판단함으로써 불가쟁력이 일단 발생한 당초처분의 처분사유도 쟁송의 대상에 포함되어 심리되나, 다만 그 인용액은 당초의 확정세액을 한도로 한다는 입장을 취하였다.

 

「국세기본법 제22조의2 규정 신설(2002.12.18) 전의 국세심판원 결정(국심 2001중0327,2002.7.12)과 국세기본법 제22조의2 규정 신설 후의 국세심판원 결정(국심 2003중556, 2003.10.18. 국세심판관 합동회의)은 그 내용에 있어 차이가 있다. 증액경정처분의 경우 신설 후 사건(국심 2003중556, 2003.10.18.; 국심 2007중0408, 2007.5.29.; 조심 2016전3133, 2

016.10.28.)은 증액경정처분에서 증액된 세액의 범위 내에서 손금계상누락분을 손금으로 인정을 하지만, 신설 전 사건인 국심 2001주0327(2002.7.12)은 증액경정처분에서 증액된 세액을 초과한 세액이라도, 즉 당초 확정된 세액 중에서도 환급세액이 발생하더라도 한도 없이 손금계상누락분을 손금으로 인정하였던 것이다.

 

국세기본법 제22조의3 제1항에서 “세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있어, 위의 사례①의 경우 인용결정을 하더라도 종합소득세 24,500,000원의 부과처분은 취소한다고 하더라도 기타소득세 기납부세액 49,000,000원을 환급하라는 결정은 하지 않을 것으로 보이며, 위의 사례②의 경우는 당초신고 시 납부한 법인세 10억원은 이미 확정되어 환급해 줄 수 없고, 증액경정처분 시 고지세액 1억원 범위 내에서의 손금만을 인정해주겠다는 것이다.

 

이러한 사례가 실무에서 많이 발생하고 있다. 회사의 실제 영업실적은 결손이지만 그대로 결산시 은행, 관공서 등에 제출하는 재무제표를 결손으로 나타낼 수 없어 실지로 발생한 비용보다 적게 결산에 반영하여 흑자로 하여 결산 및 신고를 하였으나, 과세관청으로부터 세무조사를 받고 세금을 부과받는 경우 장부에 반영하지 못한 비용을 손금으로 인정해 달라고 하는 경우가 많다.

 

 (4) 증액경정처분에서 증액된 세액의 범위 내에서 손금계상누락분을 손금으로 인정 시 감액되는 세액의 한도는 여러 사업연도 또는 귀속연도를 경정 시 경정한 사업연도 또는 귀속연도의 고지세액을 통산한 전체금액으로 할 것인지, 아니면 사업연도 또는 귀속연도별 고지세액으로 할 것인지가 문제가 될 수 있으나, 조세심판원은 증액경정처분세액 총액이 아니라 사업연도 또는 귀속연도 단위로 계산하여야 한다는 입장이다(조심 2008서4211, 2009.8.27.; 조심 2014서3387, 2016.1.29).

 

 

 

4. 대법원

 

 대법원(2012.3.29. 2011두4855, 2013.4.18. 2010두11733 및 2014.6.26. 2012두12822)은「국세기본법」제45조의2 제1항 단서 및「국세기본법」제22조의3 규정과 관련한 다수의 판결에서도 증액경정처분 시점에 경정청구기간이 경과하지 아니한 당초신고ㆍ결정세액 또는 당초경정처분의 과세표준 및 세액이 있다면 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초신고ㆍ결정ㆍ경정세액에 대하여도 그 위법을 주장하여 취소를 구할 수 있다고 판시하고 있어 소장에서 부과처분세액의 취소는 물론 경정청구하지 않은 소득금액의 손금산입 경정청구도 할 수있다는 뜻이다.

 

그러나 취소소송의 판결서 주문에서는 처분의 취소만 판결할 수 있지, 경정청구하지 않아 환급받지 못한 세액까지 환급하라는 판결은 할 수 없는 한계가 있어 소장의 청구취지에서는 위 사례①의 경우는 “ ‘○○ 세무서장이 2023.8.3. 원고에게 한 2021년 귀속 종합소득세 24,500,000원의 부과처분을 취소한다.’라는 결정을 구합니다.”라고 기재하고 ‘청구이유’에서는 기납부 기타소득세 49,000,000원도 환급하여야 한다는 주장도 할 수 있고, 상기 ②사례의 경우는 “ ‘○○세무서장이 2023.6.4. 원고에게 한 2022 사업연도 법인세 100,000,000원의 부과처분을 취소한다.’라는 결정을 구합니다.”라고 기재하고 ‘청구이유’에서는 경비 400,000,000원을 손비로 계상하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다는 주장도 할 수 있다는 뜻이다.

 

 

 

 

5. 대응 방안

 

 「국세기본법」제45조의2(경정 등의 청구) 제1항 단서에서 “다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.”고 규정하고 있다.

 

 이 단서조항은 증가된 과세표준 및 세액에 대하여 불복청구를 할 때에 당해 과세기간에 대하여 경정청구하지 않은 사항이 있는 경우 일반적인 경정청구기한(5년)과 불복청구기간(90일) 내에 불복청구를 하는 경우, 불복이유서에 경정청구사항을 기재할 수 있다는 뜻인지, 아니면 불복청구서와 함께 경정청구서도 함께 제출하라는 것인지 분명하지 않으나, 일반적으로 불복이유서에 경정청구사항을 별도의 논점으로 기재하는 것으로 받아 들이고 있다.

 

 그러나 대법원(2014.6.26. 2012두12822)은 증액경정처분 시점에 경정청구기간이 경과하지 아니한 당초신고ㆍ결정세액 또는 당초경정처분의 과세표준 및 세액이 있다면 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초 신고ㆍ결정ㆍ경정세액에 대하여도 그 위법을 주장하여 취소를 구할 수 있다고 판시하고 있으나, 취소소송 소장의 ‘청구취지’에서 부과처분세액의 취소만을주장할 수 있는 것이지, 기납부한 법인세 전부 또는 일부를 환급해 달라는 취지로 작성할 수는없다. 이러한 문제를 해결하기 위하여 다음과 같이 두 가지 경우를 가정할 수 있다. 하나는 증액된 과세표준 및 세액에 대하여는 다툼이 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액에경정청구할 사항이 있는 경우를 들 수 있고, 다른 하나는 증액된 과세표준 및 세액에 대하여 다툼이 있고, 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여도 경정청구할 사항이 있을 경우이다.

 

 전자의 경우에는 납세고지서를 받고 90일 이내에 불복청구서(이의신청, 심사ㆍ심판청구)를 제출하지 않고 경정청구서를 제출하고 경정청구에 대한 거부를 하는 경우 그 거부처분에 대하여불복청구를 하는 것이다.

 

 후자의 경우는 다음 두 가지 방법이 있을 수 있다. 하나는 불복청구서 불복이유서의 “청구이유”에 처분의 위법성과 경정청구사항을 동시에 기재하여 행정심판에서 기각되어 취소소송을 제기하더라도 소송에서 취소판결을 받는 경우 판결서의 주문에서 부과처분의 취소만을 판결하지만판결서의 ‘판단’부분에서 경정청구사항에 대한 판단을 하기에 이를 근거로 다시 경정청구를 하는것이다.

 

 다른 하나는 경정청구사항에 대하여는 경정청구서를 제출하고, 증액경정처분에 대하여는 불복청구서를 제출하여 불복절차가 진행 중에 경정청구사항에 대한 거부처분에 대하여는 기존 불복청구 중인 사건과 ‘청구의 기초’가 동일하다면(상기 ①, ②사례는 동일함) 청구취지변경을 신청하여 하나의 사건으로 진행할 수 있고, 두개의 사건으로 각각 진행할 수도 있다.